【摘要】应用ABEEM／MM分子力场结合ABEEMσπ／GB／SA方法，分别研究了内酯和羧酸盐形式喜树碱以及不含内酯结构的S39625与Topl～DNA复合物相互作用的结合自由能．从计算得到的结合自由能以及相互作用的结构分析上来看，羧酸盐形式的喜树碱与Top1cc结合的更稳定，不含内酯结构的S39625也表现出和喜树碱相类似的结合Toplcc的能力．由此看来，内酯结构并非是喜树碱捕获DNA拓扑异构酶的必要条件，羧酸盐形式的喜树碱由于带一个负电荷而具有更强的结合能力．研究从分子水平上揭示了喜树碱的结构对抗癌活性的影响，将有助于设计和发展该类抗癌药物的合成．
【关键词】
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